
С ноября 1991 года Анатолий Чубайс с небольшими перерывами занимает различные ключевые посты в российском государстве и государственных компаниях, активно участвует в общественно-политической жизни России.
Являлся одним из идеологов и руководителей экономических реформ в России 1990-х годов и реформы российской электроэнергетической системы в 2000-х годах. В 1977 году окончил Ленинградский инженерно-экономический институт имени Пальмиро Тольятти (ЛИЭИ) по специальности «экономика и организация машиностроительного производства». В 1983 году защитил кандидатскую диссертацию по экономике на тему: «Исследование и разработка методов планирования совершенствования управления в отраслевых научно-технических организациях». В 2002 году окончил факультет повышения квалификации преподавателей и специалистов Московского энергетического института по направлению «Проблемы современной энергетики». Итоговая работа на тему: «Перспективы развития гидроэнергетики России».
В 1987 году участвовал в основании ленинградского клуба «Перестройка». В середине 1980-х годов — лидер неформального кружка демократически настроенных экономистов Ленинграда, созданного группой выпускников экономических ВУЗов города. В 1990 году — заместитель, затем первый заместитель председателя исполкома Ленсовета, главный экономический советник мэра Ленинграда Анатолия Собчака.
20 января 1994 года назначен заместителем председателя правительства Российской Федерации, сохранив за собой пост председателя Госкомимущества. С 5 ноября 1994 года по 16 января 1996 года — первый заместитель председателя правительства Российской Федерации по вопросам экономической и финансовой политики, руководитель Федеральной комиссии по ценным бумагам и фондовому рынку. В 1995-1997 годах — член Совета по внешней политике при президенте Российской Федерации. С апреля 1995 года по февраль 1996 года — управляющий от России в международных финансовых организациях.
В январе 1996 года отправлен Б. Н. Ельциным в отставку с поста вице-премьера после поражения проправительственной партии «Наш дом-Россия» на выборах в Государственную думу II созыва. С апреля 1998 года по июль 2008 года возглавлял РАО «ЕЭС России».
22 сентября 2008 года президент России Дмитрий Медведев подписал указ о назначении Чубайса генеральным директором государственной корпорации «Российская корпорация нанотехнологий». С 2010 года — член Совета Фонда «Сколково». В 2011 году Чубайс был избран председателем правления ОАО «Роснано» в связи с преобразованием компании из ГК в ОАО. 12 октября 2012 года Чубайс вошел в консультативный совет при Council on Foreign Relations (CFR) — один из наиболее авторитетных исследовательских центров США, занимающихся анализом и прогнозированием социально-экономической ситуации в мире.
В апреле 2013 года аудитор Счетной Палаты РФ Сергей Агапцов заявил, что при проверке «Роснано» был выявлен большой объем нарушений. В последующем в российских СМИ неоднократно появлялись критические материалы о нецелевом расходовании средств в «Роснано» и затратных проектах корпорации.
Анатолий Чубайс — один из самых непопулярных государственных деятелей России. 17 марта 2005 года на Чубайса было совершено неудачное покушение, предпринятое полковником ГРУ Владимиром Квачковым и его единомышленниками.
В декабре 2020 года занял пост спецпредставителя президента РФ по связям с международными организациями. В марте 2022 года после начала войны против Украины свой пост покинул и уехал за пределы РФ.