
Член Высшего совета партии «Единая Россия». Председатель совета директоров ОАО «Татнефть», председатель совета директоров ОАО «Татнефтехиминвест-холдинг», председатель совета директоров ОАО «Связьинвестнефтехим», председатель попечительского совета футбольного клуба Рубин.
В 1978 году окончил Казанский сельскохозяйственный институт по специальности «механизация сельского хозяйства», квалификация «инженер-механик». В 1986 году окончил Казанский филиал Московского института советской торговли по специальности «товароведение и организация торговли продовольственными товарами», квалификация «товаровед высшей квалификации». Доктор экономических наук.
В 1978-1980 годах — инженер-диагностик Сабинского районного объединения «Сельхозтехника». В 1980-1983 годах — старший энергетик, главный энергетик Сабинского леспромхоза. В 1983-1985 годах — заместитель председателя правления Сабинского района. В 1985-1990 годах — председатель правления Арского района, в 1990-1992 годах — председатель Арского райисполкома, в 1992-1993 годах — первый заместитель главы администрации Арского района. В 1993-1996 годах — глава администрации Высокогорского района. В 1996-1998 годах — министр финансов Республики Татарстан.
В 1998 году возглавил правительство Республики Татарстан. В мае 2001 года снова возглавил новое правительство республики, сформированное после переизбрания Минтимера Шаймиева на пост президента Татарстана. 29 апреля 2005 года постановлением Государственного совета Татарстана снова утвеРЖДен премьер-министром Татарстана.
22 января 2010 года президент России Дмитрий Медведев после самоотвода Минтимера Шаймиева заявил о том, что будет рекомендовать Госсовету Татарстана наделить полномочиями президента республики премьер-министра Татарстана Рустама Минниханова. 25 марта 2010 года Рустам Минниханов принес присягу и официально вступил в должность президента Республики Татарстан. 24 марта 2015 года, за день до окончания полномочий, президент России Владимир Путин предложил Минниханову исполнять обязанности главы республики до очередных выборов. 13 сентября того же года на выборах президента Татарстана он набрал 94,4% голосов.
Жена — Минниханова Гульсина Ахатовна (родилась в 1969 году). Владела салоном красоты «Luciano Beauty Studio» в центре Казани. С полученным в 2010 году доходом в размере 8,1 миллиона рублей, Гульсина Минниханова входила в число десяти самых богатых жен губернаторов. По итогам 2016 года, опубликованным Forbes, возглавила рейтинг самых богатых жен российских чиновников с доходом 2,351 миллиарда рублей
Сыновья — Ирек (родился 4 марта 1989 года — 17 ноября 2013 года, погиб в авиакатастрофе в Казани) и Искандер (родился в 2008 году). 17 декабря 2013 года вдова Ирека Минниханова Антония Гишар родила дочь, внучку Рустама Минниханова.
У Рустама Минниханова двое братьев. Рифкат Минниханов возглавлял управление ГИБДД МВД Республики Татарстан, Раис — глава муниципального образования «Сабинский муниципальный район» Республики Татарстан.
С доходом 2,358 миллиарда рублей Рустам Минниханов занял 3-е место в Рейтинге доходов госслужащих-2017 журнала Forbes.