
С 1972 по 1982 годы учился в специальной средней школе № 21 с углубленным изучением английского языка Дзержинского района Москвы, окончил ее с золотой медалью. В школе имел прозвище «Жираф». В 1982 году поступил в Московский финансовый институт, но после первого курса был призван в армию в ракетные войска. Вернувшись со службы продолжил обучение на факультете международных экономических отношений МФИ, который с красным дипломом окончил в 1989 году.
В 1992-1993 годах — председатель правления акционерного коммерческого банка «Международная финансовая компания».
В 1993-1998 годах — председатель правления Онэксим Банка.
В 1998-2000 годах — президент—председатель правления Онэксим Банка.
В 2000-2001 годах — президент АКБ «Росбанк».
В 2001-2008 годах — генеральный директор, председатель правления ГМК «Норильский никель» (с июня 2001 года).
С 2010 года — владелец контрольного пакета баскетбольного клуба Brooklyn Nets, который переехал из Нью-Джерси в Бруклин.
Сестра — литературовед Ирина Прохорова, редактор и издатель журнала «Новое литературное обозрение», телеведущая канала РБК-ТВ. С 2004 года Михаил Прохоров является учредителем благотворительного Фонда Михаила Прохорова, соучредителем и руководителем которого является его сестра Ирина Дмитриевна Прохорова. Михаил Прохоров никогда не был женат и детей у него нет.
По итогам 2009 года предприниматель занял первую строчку в списке российских миллиардеров журнала Forbes с капиталом в 9,5 миллиарда долларов. В мае 2008 года Forbes оценил состояние Прохорова в 22,6 миллиарда долларов. По состоянию на 2010 год по версии Forbes состояние Прохорова оценивалось в 13,4 миллиарда, в 2011 году — в 18 миллиардов, в 2012 году — 13,2 миллиарда долларов. В рейтинге Forbes "200 богатейших бизнесменов России" в 2017 году Михаил Прохоров занял 13-е место с капиталом в 8,9 миллиарда долларов. Капитал бизнесмена на 2017 год состоял из наличных средств от продажи активов (5 миллиардов долларов), пакета акций UC Rusal (17%) и клуба НБА Brooklyn Nets.