
В 1971-1973 годах проходил срочную службу в Вооруженных Силах СССР. В 1980 году закончил исторический факультет Каменец-Подольского пединститута имени В. П. Затонского — филиал Киевского государственного университета имени Тараса Шевченко. В 2003 году Шпигель окончил Академию внешней торговли, а в 2005 году защитил диссертацию на звание кандидата экономических наук. В 2012 году закончил Российский новый университет.
В 80-е годы XX века работал заместителем директора Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйственной биотехнологии (ВНИИСБ). В 1991 году основал и возглавил фармацевтическую компанию «Биотэк». В 2003-2013 годах был представителем в Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации от правительства Пензенской области. 5 ноября 2007 года Шпигель был избран президентом Всемирного конгресса русскоязычного еврейства (ВКРЕ).
В январе 2013 года в блоге Кристины Потупчик появился скан документа, якобы являющегося копией приговора, вынесенного в 1982 году Шпигелю по ст. 120 УК РСФСР («Развратные действия» в отношении несовершеннолетних). Речь шла о приставаниях Шпигеля к несовершеннолетним мальчикам. По данным ряда СМИ, документы якобы были фальшивыми, а сам приговор составлен с массой нарушений и сведений о судимости Шпигеля нет.
Выступал в роли продюсера российского певца Николая Баскова, с которым состоял в любовных отношениях, по данным ряда блогеров. Басков также был мужем его дочери Светланы. В марте 2021 года был арестован в рамках уголовного дела
В 2020 году «Биотэк» стал одним из крупнейших поставщиков лекарств и медицинской продукции для борьбы с COVID-19 — антивирусные препараты, диагностические тест-системы BIOZEK и дезинфицирующие средства.
В январе 2021 года СМИ в России сообщили, что «Биотэк» Бориса Шпигеля потерял контракты Минздрава на поставку экулизумаба — одного из самых дорогих препаратов, применяющихся для лечения редких заболеваний крови. В марте 2021 года Борис Шпигель был арестован в рамках дела о коррупции в отношении пензенского губернатора Ивана Белозерцева.