
В 1976 году закончил Ленинградский Военно-механический институт по специальности инженер-электромеханик. В 1982-1988 годах работал старшим инженером Министерства внешней торговли СССР.
В 1991 году перешел на работу в компанию Urals Finland Oy и переехал в Финляндию. В 1995 году Urals Finland Oy была переименована в International Petroleum Products Oy (IPP), а Геннадий Тимченко стал сперва заместителем, а потом и гендиректором IPP Оу.
В 1997 году совместно с партнером Торбьорном Торнквистом основал компанию Gunvor. Через Gunvor продавали нефть как государственные («Роснефть», «Газпром Нефть»), так и частные компании (ТНК-BP и «Сургутнефтегаз»). Геннадий Тимченко продал свою долю в компании партнеру в марте 2014 года.
В 2007 году Геннадий Тимченко основал частный инвестиционный фонд Volga Resources, в настоящее время Volga Group. Volga Group владеет 23% акций газодобывающей компании «Новатэк», 63% акций строительной «Стройтрансгаз», 30% — угледобывающей компании «Колмар», 89% компании «Сахатранс», 50% акций компании «Суходол», строящей угольный терминал в Приморье; 50% акций газодобывающей компании «Петромир», 80% акций железнодорожной компании «Трансойл», 15,3% акций газоперерабатывающей и нефтехимической компании «Сибур Холдинг», 24,8% акций страховой компании SOVAG AG (Германия), 10,3% акций Банка «Россия», 100% акций производителя питьевой воды ООО «Акваника»; 40% акций производителя яблок «Алма Холдинг».
Председатель совета директоров Континентальной хоккейной лиги и Президент хоккейного клуба СКА (Санкт-Петербург). Член попечительского совета Русского географического общества. Кавалер ордена Почетного легиона. В рейтинге Forbes "200 богатейших бизнесменов России" в 2017 году Геннадий Тимченко занял 4-е место с капиталом в 16 миллиардов долларов (59-е место в мировом рейтинге Forbes).
Женат, трое детей. Вся семья имеет гражданство Финляндии. 6 декабря 2013 года жена Геннадия Тимченко Елена Тимченко и его дочь Ксения Франк из рук президента РФ Владимира Путина получили ордена Дружбы «За укрепление дружбы и сотрудничества с Россией, а также развитие научных и культурных связей и активную благотворительную деятельность».
Мужем дочери Ксении Тимченко является сын гендиректора «Совкомфлота» Сергея Франка Глеб Франк. Совместно с братом губернатора Московской области Максимом Воробьевым Франк является основным владельцем компании «Русская Аквакультура», которая занимается разведением семги и форели.